Pasaron nueve años (desde su triunfo 1:2 en la Copa Merconorte de 1998) para que el conjunto azul derrotara a Atlético Nacional en Medellín. Posteriormente desde el 14 de mayo de 2000 cuando le gana por 4:3, transcurrieron seis años de sequía para Millonarios en los cuales no vio ningún triunfo frente a Atlético Nacional. En el año 2000 Atlético Nacional y Millonarios disputaron la final de la Copa Merconorte 2000 donde empataron en Bogotá 0-0 y en Medellín el equipo paisa ganó 2-1 el 9 de noviembre para así Atlético Nacional consagrarse campeón.
